“应交增值税”这个科目是一个较为复杂的应交税费科目，在现行的税制下，“应缴增值税”的借方既要反映进项税额，又要反映预缴的税金。贷方既要反映销项税额，又要反映进口退税、进项税额转出等情况。如果还沿用三栏式账户，很难把企业增值税的抵扣、扣缴、退税等情况反映清楚。该科目期末贷方余额表示企业还有未缴纳的税费；期末借方余额表示企业多缴或还存在未抵扣的税金。
        在核算“应交增值税”时为了更清楚地核算应缴、已缴和未缴还应设置若干个三级明细科目，分为以下9个“进项税额”、“已交税费”、“减免税款”、“出口抵减内销产品应纳税额”、“转出未交增值税”、“销项税额”、“进口退税”、“进项税额转出”、“转出多缴增值税”分别核算。其中有6个三级科目最为常用。
        1、 “进项税额“。记录企业当月购入或者接受应税劳务从而支付的，并准予从销项税额中抵扣的增值税额。
        2、 “已交税额”。核算企业当月缴纳本月增值税额。
        3、 “转出未交增值税”。核算月末企业转出应缴未缴的增值税额
        4、 “销项税额”。记录企业销售货物或提供应税劳务应收取的增值税额。
        5、 “进项税额转出”记录企业的进项发票发生非正常损失以及其他原因而不应从销项税额中抵扣，按规定转出的进项税额。
        6、 “转出多交增值税”月末转出多交的增值税。